慢性鼻窦炎的病因多因急性鼻窦炎未得到及时合理地治疗迁延而致。其它病因与急性性鼻窦炎相似，感染、变应性鼻炎和鼻窦引流障碍是其主要原因。牙源性上颌窦炎可慢性起病。
同急性鼻窦炎相同，上颌因窦腔较大，窦底较低，而窦口较高，易于积脓，且居于各鼻窦下方，易被他处炎症所感染，故慢性上颌窦炎的发病率最高，慢性筛窦炎次之，慢性额窦炎又次之，慢性蝶窦炎最少。
近年来，最引人关注的鼻窦炎的发病原因就是鼻窦引流障碍。鼻内窥镜技术主要就是基于这种发病原因来治疗鼻窦炎的，如右图所示，正常的鼻窦开口于鼻腔内，当鼻窦开口受阻时，鼻窦内的分泌物无法正常引流出来，从而导致鼻窦炎。
鼻息肉常常并发有鼻窦炎，这是因为鼻腔内有息肉时，常会堵塞鼻窦的开口，而引发鼻窦炎，鼻息肉因经常合并有鼻窦炎，现在已经被称为慢性鼻窦炎鼻息肉。
吸烟的人亦发鼻窦炎，烟可以通过鼻腔到达鼻窦，引起鼻窦感染.
儿童鼻窦炎的发病除与反复急性炎症未得到有效控制外，周围的病灶也是一个重要原因，如扁桃体经常发炎等。另外鼻腔肿瘤放疗后也可以并发慢性鼻窦炎。
